Морской транспорт играет особую, всевозрастающую роль.
Самый крупный литовский стратегический и экономический порт — Клайпеда. Нa восточном побережье Балтики это самый северный незамерзающий порт. Клайпедский порт универсальный, через него проходят металл, мазут, удобрения, древесина, контейнерные и другие грузы. В 2000 г. завершена программа реконструкции порта и строительства объектов инфраструктуры.
Порт имеет несколько специализированных терминалов: нефтяной (в Бутинге), для инертных материалов, для перегрузки металлолома и древесины. Особо выделяется цементный терминал, благодаря которому экспорт литовского цемента увеличился в два раза. Роль Клайпеды в системе балтийского транзита значительно возросла после сдачи в эксплуатацию нового контейнерного терминала. Между Клайпедой и портами Западной Европы действуют три контейнерных линии — на Гамбург, Роттердам и Антверпен.
Грузооборот Клайпедского порта составил в 2000 г. 19,4 млн т, из них на нефтепродукты пришлось 5,2 млн т, на металлы — 4,7 млн т, на минеральные удобрения — 2,9 млн т.
В настоящее время разрабатывают программу расширения и модернизации порта до 2015 г. Она предусматривает углубление причалов до 18 м, что позволит дополнительно перегружать до 20 мл и т грузов. Предполагают, что терминалы Клайпеды будут специализироваться на перевалке сырой нефти, тяжелых мазутов, а Бутинги — нефтепродуктов.